水口生態面對的威脅主要來自人類，包括各式各樣的行為和垃圾污染，其中最明顯的就是大量的海洋垃圾和掘蜆活動。

「人類活動」雖泛指所有人類的行為，但當中最干擾的都是些康樂活動，例如掘蜆。掘蜆過程會翻起泥沙，干擾了其他棲息在沙中的生物，更有機會誤傷了馬蹄蟹。而人們帶來的工具、食物包裝、隨身物品都有機會留低而成為垃圾，為當地環境帶來不必要的影響。

垃圾污染其實是指水口灘上的垃圾引發的問題。灘上的垃圾有的由海上漂來，也有些是遊人帶來的。其中發現最多的是塑膠碎片，大部份都是從大件的塑膠分解而成，但有些是本身已經十分細小的，如塑膠原粒和BB彈之類。

而大件的塑膠，常見的有食品包裝、飲管、即棄餐具等。也有些是人造纖維、膠繩、漁網殘骸，有長有短，大都糾纏在植物上，或是和其他垃圾一起。發泡膠也是常見的垃圾，但其重量很輕，都是堆積在海灘邊緣的樹叢下，而且有些更是粉碎成一粒粒的，風一吹就飛起，要執拾非常困難。

灘上滿是垃圾，除了帶來衛生問題，也會影響人們的觀感和活動。但最受影響的是在海岸生活的生物。海岸植物如紅樹，常常被垃圾糾纏著，枝葉掛滿各式各樣塑膠碎片、人造纖維、漁網和漁絲等，影響其生長，阻礙光合作用之餘，也防礙依附在紅樹上的動物。

現時，最影響海岸動物的要算是塑膠垃圾了。不只是水口，世界各地都是。為何這樣說呢？現時我們從網路上不時會收到朋友、媒體分享一些動物被塑膠垃圾傷害、甚至致死的新聞。最深刻的一宗是有人在海龜的鼻子拔出一隻叉！而最近的新聞是在菲律賓海域一頭已死的鯨魚肚中找到40公斤的膠袋… 這些雖和水口無關，但是其問題的主因一樣出現在水口，就是塑膠垃圾。

在過去數次的水口垃圾調查，雖沒發現動物因進食塑膠致死，但在灘上不時會執到有三角形、四角形的整齊缺口在飲筒和食品包裝上。這不是人類造成，而是由動物，例如雞泡魚咬成的。這是可能因為塑膠有食物的氣味殘留在表面，或是塑膠本身發出的味道吸引，因而被誤食。誤食一兩件後的影響可能不大，但不斷進食，累積在體內就會導致嚴重後果。綠色和平於今年2019年3月發佈香港海岸塑膠垃圾研究，指出本港水域的塑膠垃圾的濃度就比三年前的同類研究多了11倍。文中更提及動物因食了微塑膠（5毫米以下的塑膠）會導致其內臟變形，甚至影響其行動。微塑膠會易於黏附上有害物質如農藥、塑化劑等，這些都會干擾動物的內分泌系統，尤其是成長中的小孩和孕婦。當這些有害物質在食物鏈累積，最終受影響的也是人類自身。